Há um bug no momento com o módulo php5-mcrypt colocando 'mcrypt.ini' na pasta errada. A solução alternativa é criar links simbólicos.
Então, uma das minhas primeiras tentativas de fazer isso - estava incorreta. E eu não notei que os outros não passaram.
Até onde eu percebi, removi links simbólicos com comandos:
sudo unlink /etc/php5/apache2/conf.d/20-mcrypt.ini
sudo unlink /etc/php5/cli/conf.d/20-mcrypt.ini
E, adicione a variante correta:
sudo ln -s /etc/php5/mods-available/mcrypt.ini /etc/php5/cli/conf.d/20-mcrypt.ini
sudo ln -s /etc/php5/mods-available/mcrypt.ini /etc/php5/apache2/conf.d/20-mcrypt.ini
Reinicie a instalação do apache e do openCart passando agora.