Como a saída dpkg -l mostra, seu módulo PHP do Apache (pacote libapache2-mod-php5 ) está na versão 5.4. Você deve instalar o pacote libapache2-mod-php5.6 , que instalará a versão 5.6. Pode ser necessário primeiro remover libapache2-mod-php5 . (Você provavelmente também deseja remover todos os outros php5-* packages, que pertencem ao PHP 5.4, mas isso não é necessário.)