Há duas razões possíveis para que isso aconteça.
Primeiro, o Eclipse rodando no Ubuntu por padrão usa a API gráfica do GTK3. Isso não funciona corretamente. Você precisa desativá-lo até que o conjunto de problemas em torno disso seja resolvido.
O seguinte tem algumas informações sobre isso: Como contornar o bug Eclipse Luna / GTK 339174 (mude para não usar oxigênio) .
Em segundo lugar, você não mencionou isso, mas vejo esse sintoma específico na minha VM do Ubuntu em execução no VirtualBox no modo de tela cheia. Você pode dizer se isso está acontecendo se você passar o cursor no canto inferior direito de uma janela redimensionável e ver que o ícone de arrastar bidirecional não aparece até que você esteja bem abaixo de alguns pixels e à direita de o canto real. Até que isso seja corrigido, você pode atenuar isso saindo do modo de tela inteira (right-ctrl-f, provavelmente) e, em seguida, voltando.