Com os drivers oficiais do kernel atualizados hoje (11/08/2016), o problema parece resolvido.
Eu sei que existem perguntas semelhantes e algumas delas resolvidas, mas elas não me ajudaram.
Eu tenho um HP Envy 13 com um leitor de cartão interno Realtek sd rts522a. Era uma vez trabalhando com uma instalação limpa, mas agora o cartão SD não é reconhecido em todos, apenas se eu inicializar o Ubuntu com o cartão SD inserido. Eu não sei em que ponto ele começou a não funcionar novamente (não funcionou na minha primeira instalação também)
Eu tenho 16.04 LTS e o kernel padrão 4.4.0-31-genérico. Alguns usuários com problemas semelhantes em 14.04 e 15.10 parecem ter resolvido o problema com os novos kernels 4.4.x. Eu tentei alguns kernels mais novos, mas não ajudou, embora o kernel 16.04 tenha sido reportado funcionando para esta placa. - Os cartões e leitor são considerados saudáveis, eles estão trabalhando no windows 10. - Também não é detectado pelo Live ubuntu de um USB.
Editar: O comando lspci às vezes aciona o cartão SD para ser montado e listado. Mas desmontar, ejetar e usar outro sd tem problemas novamente, não está consertando nada. Um cartão ejetado permanece listado, mas devolvê-lo ao leitor sd não o reconhece sempre corretamente.
Com os drivers oficiais do kernel atualizados hoje (11/08/2016), o problema parece resolvido.