Certifique-se de que o seu ponto de montagem é / no 1TB e certifique-se de escolher o drive de 1TB para o seu gerenciador de inicialização. Eu não posso te dizer tecnicamente porque isso está acontecendo com você, mas eu já experimentei isso antes, não com o Ubuntu. Eu apenas usei "F12" para inserir minhas opções de inicialização toda vez que eu inicializava e selecionava o WINDOWS BOOT MGR quando eu queria o Windows e o LINUXDISTRO quando eu queria o Linux.
Eu sei que isso não responde à sua pergunta, mas essa foi minha experiência e trabalho semelhantes.