Isso soa familiar para mim.
Isso geralmente acontece se o driver gráfico é parcialmente compatível, pacotes instalados incorretamente ou apenas uma configuração ruim do computador.
Eu esperaria por algumas horas (se você tiver uma boa conexão com a Internet como 20 MB / s ou melhor). Talvez em 2 horas possa reagir ao seu mouse / teclado.
Se isso não funcionar, como disse o @Pilot6, você pode fazer uma instalação totalmente nova no Ubuntu 16.04. (Esta poderia ser a melhor solução.)