Essa é uma pergunta muito geral, então aqui está uma resposta geral.
1) é uma má ideia. Essas unidades USB não possuem um bom gerenciamento de amplificação de gravação. Apenas a geração de arquivos de log irá matar o flash. Compre mais discos, a ferrugem é boa.
2) tem o melhor desempenho quando você pode distribuir seus pedidos de veiculação. caso contrário, todos os seus vms estarão competindo pela largura de banda do io nesse único disco. Você pode obter um desempenho melhor em um único disco com um cache de leitura (rapiddisk e outros) às custas da memória do sistema, mas isso não faz nada para as gravações. As gravações exigem um controlador io com um cache com bateria ou uma memória principal que pode travar para piscar como NVDIMM.
Se você quiser realmente conhecer o impacto no desempenho, avalie-o. De preferência com uma carga de trabalho que imita o que seus usuários farão. iostat, blktrace e fio são seus amigos.