Se você pode inicializar o Ubuntu ao vivo, então você deve usar o GParted , um editor de partições gratuito.
Primeiro, desmonte o disco rígido (clique com o botão direito - > Desmontar). Então você verá Formatar para e escolher o sistema de arquivos ntfs . Aplique as mudanças e é isso.
Além disso, há é a resposta sobre a formatação do terminal. Espero que seja útil para você.
Não se esqueça de fazer backup!