Você pode instalar o seu novo Ubuntu sem sobrescrever o existente, se tiver sua pasta pessoal em uma partição separada, ou simplesmente, não selecionar "Formatar partição" na opção de instalação manual. A nova instalação irá sobrescrever os arquivos e pastas do sistema, mas você não perderá seus dados, pelo menos, nem todos. Configurações e outras coisas que não estão na sua pasta pessoal podem ser substituídas. Eu sugiro que você use seu USB ao vivo para inicializar e fazer um backup de seus arquivos, então, faça uma instalação normal do Ubuntu para evitar futuros problemas com dependências, configurações, etc.