Bem, eu descobri o seguinte.
A última atualização afetou o Secure Boot. Ele fez com que os drivers proprietários não funcionassem mais (eles não são assinados), então uma das coisas que fiz através da linha de comando foi desinstalá-los e reinstalar o XOrg.
sudo apt-get purge "fglrx. *"
sudo apt-get install --reinstalar xserver-xorg-core
Provavelmente a resintallation do XOrg afetou o seguinte (não tenho certeza)
O proprietário do arquivo .Xathority era root e não meu usuário, então essa foi a razão porque ele estava preso nessa parte.
Eu fiz o seguinte:
sudo chown myusername: myusername .Xauthority
E o sistema está funcionando de novo corretamente.
P.S. Obrigado gsekse por tentar ajudar.