Ok, o que aconteceu foi que eu tinha instalado janelas no modo BIOS e Ubuntu no modo UEFI, e o reparo de inicialização havia convertido automaticamente as janelas do MBR para o GPT e o gerenciador de inicialização do Windows não gostava disso. O que acabei fazendo foi criar um backup do Ubuntu com o rsync e formatado todo o disco, depois reinstalei ambos no UEFI e restaurei o Ubuntu a partir do backup.