já experimentou o boot-repair enquanto carrega o Ubuntu com o drive USB? se você ainda não tiver feito isso, tente e siga os seguintes comandos:
$sudo add-apt-repository ppa:yannubuntu/boot-repair
e $ sudo apt-get install boot-repair
após a instalação, você pode executar o reparo de inicialização via terminal ou menu de aplicativos
Por outro lado, você pode tentar corrigir o GRUB no Windows com o Easybcd também!