executando o NAMD no Ubuntu 16.04

Question

Eu queria rodar o NAMD no Ubuntu 16.04, no entanto ele encontrou o seguinte erro. Como posso resolver este problema?

nikoot@nikoot-GA-880GM-USB3:~$ namd2
Charm++: standalone mode (not using charmrun)
Converse/Charm++ Commit ID: v6.7.0-0-g46f867c-namd-charm-6.7.0-build-2015-Dec-21-45876
Warning> Randomization of stack pointer is turned on in kernel, thread migration may not work! Run 'echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space' as root to disable it, or try run with '+isomalloc_sync'.  
Charm++> scheduler running in netpoll mode.
CharmLB> Load balancer assumes all CPUs are same.
Charm++> Running on 1 unique compute nodes (4-way SMP).
Charm++> cpu topology info is gathered in 0.000 seconds.
Info: NAMD 2.11 for Linux-x86_64-TCP
Info: 
Info: Please visit http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
Info: for updates, documentation, and support information.
Info: 
Info: Please cite Phillips et al., J. Comp. Chem. 26:1781-1802 (2005)
Info: in all publications reporting results obtained with NAMD.
Info: 
Info: Based on Charm++/Converse 60700 for net-linux-x86_64-tcp-iccstatic
Info: Built Mon Dec 21 10:52:27 CST 2015 by jim on despina.ks.uiuc.edu
Info: 1 NAMD  2.11  Linux-x86_64-TCP  1    nikoot-GA-880GM-USB3  nikoot
Info: Running on 1 processors, 1 nodes, 1 physical nodes.
Info: CPU topology information available.
Info: Charm++/Converse parallel runtime startup completed at 0.01368 s
FATAL ERROR: No simulation config file specified on command line.
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: No simulation config file specified on command line.

[0] Stack Traceback:
  [0:0] _Z8NAMD_diePKc+0x72  [0x640c92]
  [0:1] main+0x96  [0x646026]
  [0:2] __libc_start_main+0xf0  [0x7fb7ea2fc830]
  [0:3] _ZNSt8ios_base4InitD1Ev+0x52  [0x59ed7a]
Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: No simulation config file specified on command line.

[0] Stack Traceback:
  [0:0] _Z8NAMD_diePKc+0x72  [0x640c92]
  [0:1] main+0x96  [0x646026]
  [0:2] __libc_start_main+0xf0  [0x7fb7ea2fc830]
  [0:3] _ZNSt8ios_base4InitD1Ev+0x52  [0x59ed7a]
Aborted (core dumped)

    

Answer 1

Desde que você me pediu para ajudar com isso depois que eu respondi a sua primeira pergunta, eu estou dando a iluminação que eu puder sem experiência específica de NAMD ou biofísica teórica.

Como afirmado entre os requisitos para executar o NAMD, é necessário fornecer um arquivo de configuração

Depois de escrever seu arquivo de configuração, você especifica quando estiver executando o NAMD . O arquivo de configuração é um arquivo de texto que você deve escrever de acordo com a documentação (espero que você saiba como fazer isso ou possa obter ajuda com ele de colegas). Você pode usar qualquer editor de texto para gravar o arquivo, por exemplo, gedit. Depois de ter escrito, você especifica para NAMD com o caminho para o arquivo. Se você nomeou o arquivo config e está atualmente no mesmo diretório em que o arquivo está salvo, você pode digitar:

namd2 config

se o arquivo config estiver em um diretório chamado / home / nikoot / Documents / NAMD, você poderá digitar:

namd2 ~/Documents/NAMD/config

Estou assumindo que o binário namd2 está em seu $ PATH desde que você conseguiu o erro em sua pergunta!