Acontece que este é realmente o comportamento esperado, uma vez que o número da versão do Xournal é agora 4.8 em vez de 0.4.8 (devido a algum tipo de erro administrativo, eu acho?), como apontado aqui . É também por isso que 0,4,8 foi "atualizado" para 4,7.
Evitar a "atualização" indesejada pode ser realizada "mantendo" o pacote, a saber:
sudo aptitude hold xournal
- pelo menos, se usarmos aptitude
para atualizações de software, como eu faço. Mas como o ícone de notificação de atualização na bandeja do sistema é gerado pelo Muon Update Notifier, para eliminar isso é necessário marcar o pacote como mantido também no Muon Package Manager. O último deve primeiro ser instalado em um sistema de estoque, já que foi removido em algum momento da instalação padrão.