Finalmente eu encontrei a solução! No meu caso, o módulo python click veio do aptitude package python3-click-package . No entanto, ele foi substituído por outro módulo click . Depois que eu removi o último módulo, python3-click-package foi deixado quebrado, então eu simplesmente o reinstalei, então click funciona agora:
sudo apt install --reinstall python3-click-package