Portanto, eu tenho alguns arquivos jar que eu uso com frequência (Minecraft e outros iniciadores, para citar alguns) e eles aparecem na seção "Arquivos e pastas". Se eu abrir outros arquivos que tenham um caminho de arquivo semelhante, esses poderão ficar mais abaixo na lista sempre que eu procurar o arquivo por meio do Hud.
Existe alguma maneira de tê-los tratados como aplicativos, de modo que eles apareçam nessa seção do Hud, e então sua prioridade é aumentada toda vez que eu abri-los?
Na verdade jar não é um aplicativo. Pode ser tratado como pdf ou docx ou smth assim. Em detalhes, o jar é apenas um conjunto de classes java compiladas e algumas informações meta compactadas no arquivo zip com extensão jar. Não é possível dizer se existe alguma forma nativa, mas tente criar um iniciador de script de shell, eu acho que deve ser tratado como executável "normal".