Nenhuma tecla aparece porque o aplicativo Senhas e Chaves (Seahorse) não migra as chaves gpg1 para gpg2.
Você pode fazer isso manualmente:
gpg2 --import < ./.gnupg/secring.gpg
Leitura adicional:
Acabei de instalar o Ubuntu 16.04. O único problema é que não consigo que eles apareçam no aplicativo Senhas e Chaves. Digitar gpg --list-keys no terminal mostra todas as chaves que adicionei mas elas não aparecem na minha GUI do PGP.
O que está errado aqui?