O Evince 3.4 suporta Bookmarks, (no Ubuntu 12.04), mas eles não são o mesmo que funciona com o Foxit Reader. Os marcadores da Foxit aparecerão na lista "Index" no Evince.
O Okular do KDE também permitirá que você crie favoritos, mas não os marcadores de PDF padrão. Ele os gerencia através de um arquivo de perfil remoto do Okular.
Eu também estou procurando por um. Eu uso um monte de textos grandes, e freqüentemente preciso ir e voltar através de uma dúzia de referências ou mais. Eu costumava gerenciar um índice pessoal através de marcadores de PDF no Foxit Reader no Windows. Eu não posso fazer com que a Foxit rode no Ubuntu agora.