Aqui está o fato muito sutil de que eu não tive nenhuma visão. Eu usei Open with other application... em uma pasta com um clique direito para fazer Audacious enqueu os arquivos de música dentro dele e começar a reproduzi-los. Deve ter sido uma das vezes que eu tinha esquecido de remover a opção Remember this application for "folder" files eo sistema começou a abrir Audacious toda vez que eu tentei montar uma unidade.
Para corrigir o problema, ordenei que o sistema abrisse pastas pela Caja e o sistema agora está funcionando perfeitamente.