Eu tenho um problema semelhante. Eu vejo uma mensagem semelhante a esta (A, B, X & Y são números) depois de atualizar meu xubuntu para 16.04:
lvmetad is not active yet; using direct activation during sysinit
/dev/mapper/lubuntu--vg-root: clean, X/Y files, A/B blocks
Eu tenho kernel: 4.4.0.31 e dois volumes lógicos - swap e root - que não foram alterados a partir de 14.04 LTS.
Ao contrário de outros com o problema, a inicialização para login parece OK. De interesse é o fato de que minha "systemd-analyze blame" tem as mesmas duas linhas acima indicando que o lvm começa após fsck:
3.244s lvm2-monitor.service
3.191s systemd-tmpfiles-setup-dev.service
Proponho que o fsck gere o aviso porque está tentando verificar os discos antes que o lvm tenha iniciado automaticamente.
Nenhum de: boot.log, kern.log, syslog ou dmesg parece conter alguma coisa útil.
Eu tenho procurado por soluções e encontrei pessoas com drivers gráficos problemáticos, sistemas RAID, discos criptografados e estratégias incomuns de backup; nenhuma delas se aplica.
Qualquer ajuda é bem-vinda.
Marv