Eu tenho dois aplicativos java com ícones de bandeja que continuam desaparecendo. Como tenho muito uso para os ícones da bandeja, isso realmente importa para mim.
Os aplicativos são escritos por mim e não há nada de funky acontecendo com os ícones e eles funcionaram muito bem antes (no 15.10 eu acho, agora rodando 16.04).
Os ícones funcionam muito bem por muito tempo, mas às vezes desaparecem mesmo depois de uma nova reinicialização.
Quando alterno entre espaços de trabalho, os ícones se tornam visíveis durante a animação de transição, mas desaparecem imediatamente após a animação ser concluída.
Eu tenho uma unidade comum funcionando sem hacks notáveis em execução.
24 espaços de trabalho, aplicativos em execução são alguns cromo & amp; windows firefox (um dos ff está sempre em tela cheia, mas não parece afetar isso), IntelliJ, Atom e algumas janelas de terminal.
Posso recomendar o uso do aplicativo menulibre e usá-lo para criar um lançador personalizado com um comando semelhante a java -jar /path/to/folder/yourjar.jar
Está nos repos, então você pode usar apenas sudo apt-get install menulibre
HTH