No Ubuntu GNOME 16.04 com o GNOME 3.20 existe agora um aplicativo chamado Search and Indexing (ou tracker-gui ) instalado por padrão (se não estiver instalado ou se você estiver executando uma versão anterior que não tem instalado, então ele pode ser instalado executando sudo apt-get install tracker-gui ), que pode ser usado para alterar as configurações de indexação de maneira altamente flexível com (apaguei algumas informações pessoais em uma das capturas de tela):
Como pode ser visto nas capturas de tela acima, isso cobre a maioria dos pontos da pergunta.