ei ai eu também experimentei com esse problema uma vez mas ao invés de formatar o espaço livre você precisa formatar o hdd completo {so desculpa dizer que :(}
Porque qualquer disco rígido terá apenas 4 partições primárias nas quais qualquer sistema operacional pode ser instalado para ser visto no gerenciador de inicialização (grub ou burg etc ...)
então, de acordo com meu conhecimento e experiência, faça backup e "limpe" (comando windows) e reinstale todos os outros sistemas operacionais que você instalou.
se houver outra maneira melhor, por favor me avise.