Eu tentei abrir o aplicativo por meio do Python (sudo python katoolin.py). Eu usei a opção 1 para instalar e atualizar os repositórios e depois disso eu tentei instalar as ferramentas do kali linux e todas elas puderam ser instaladas. Esta solução alternativa pode ajudá-lo talvez (eu estou usando o Ubuntu 16.04). Espero que isto ajude.