Eu resolvi isso! .. Eu mudo o que lança o synaptic substituindo
Exec = synaptic-pkexec
em usr/share/applications/synaptic.desktop
pkexec é aquele que gerencia a autenticação quando você abre o synaptic (que é a falha), que ele não autentica, mesmo que sua senha root esteja correta. Eu substituo por
gksu synaptic %u
então, salve (você deve ter um gconf-editor e gksu instalado.)
Depois disso, pressiono alt + F2, depois digito lá "gconf-editor" e, em seguida, vou para apps > gksu e marquei o sudo-mode.
Se o pkexec lhe der problemas ao iniciar o synaptic na GUI, tente alterá-lo para gksu . Isso vai fazer.