Em teoria, pode ser complicado saber a codificação de caracteres usada pelos arquivos, mas na maioria dos casos, o erro vem dos sistemas Windows e dos programas que ainda usam apenas o Latin1 em vez do UTF-8. Execute convmv -f cp850 -t utf-8 *
sem aspas na pasta com os arquivos quebrados e tente.
(Você precisa do pacote convmv
instalado)