Acabei tendo que desinstalar todas as versões do eclipse Não me lembro dos comandos exatos, mas basicamente eu fiz sudo apt-get purge eclipse*
e depois também whereis eclipse
e deletei todos os diretórios que ele retornou. Depois disso eu reinstalei o eclipse e agora quando eu inicio o dmenu eu tenho uma opção eclipse44 que lança a versão atual do eclipse.