Se a sua "unidade LVM" contiver suas contas $ HOME e o SO, / var, / tmp ... estiver em outra unidade, LVM ou não, então você deve estar bem. Certifique-se de selecionar a unidade correta quando solicitado durante a instalação em que o SO irá. Se o sistema operacional e o $ HOME estiverem na mesma unidade, não posso comentar o seu sucesso com essa configuração.
Na semana passada fiz essa dança, atualizando do Ubuntu 14 para o 16. Tenho dois Grupos de Volume do LVM. Um dedicado aos meus dados importantes sendo $ HOME e / fotografias. O outro para o sistema operacional, / var, / tmp e swap.Após a atualização eu tive que atualizar o / etc / fstab para incluir o meu mount $ HOME em formação. Moveu a conta / home / _install_created_user_ fora do caminho e criou um novo ponto de montagem / home para o meu volume LVM. Então apenas addgroup (8) e adduser (8) e eu estava fora das raças.
Como sempre, ter um backup sólido de seus dados críticos ($ HOME, fotografias, filmes, músicas ...) é fundamental. rsync (1) e discos rígidos externos são seus amigos.
Eu acredito que você deveria ser capaz de testar isso através do VirtualBox. Crie uma VM executando o Ubuntu 14.04, crie algumas unidades extras para fazer dois ou mais Volumes LVM. rsync sua conta $ HOME para o / home LVM. Faça o login e verifique todas as correções. Então atualize para 16.04.
Por fim, se a sua máquina tiver uma placa gráfica NVIDIA ou você planeja executar o VirtualBox no Ubuntu 16, DESLIGUE a configuração do BIOS para UEFI. Se a sua máquina for dual boot isto pode tornar o windoz infeliz, mas quem se importa com o windoz quando você tem o Linux! Eu não faço.