Esses arquivos não existem até que você os modifique, pois somente as alterações feitas são gravadas no arquivo, substituindo os padrões gerados automaticamente.
Se você deseja redefinir o conteúdo do menu padrão, basta remover os arquivos. Para estar no lado seguro, mova-os para outro lugar primeiro:
mv ~/.config/menus/applications.menu ~
mv ~/.config/menus/settings.menu ~
Agora você tem os arquivos de backup em seu diretório pessoal. Se, por algum motivo, você quiser restaurar os arquivos ao estado anterior, poderá alterá-los da seguinte forma:
mv ~/applications.menu ~/.config/menus/
mv ~/settings.menu ~/.config/menus/