$XDG_CONFIG_HOME/user-dirs.dirs
estava determinando que minha área de trabalho deveria ser $HOME
em vez de $HOME/Desktop
.
O restante das minhas pastas também foi definido como $HOME
, e é por isso que elas desapareceram, o que eu nem percebi até agora.
Não sei como isso aconteceu, mas a alteração desses valores corrigiu o problema.