Im dualbooting windows 10 e ubuntu 16.04. mas eu uso o grub2 como gerenciador de boot, e se eu estragar eu costumo usar boot-repair. você pode fazer mais do que programar java no windows. Eu não encontrei algo que eu não poderia fazer no Windows, mas algumas coisas são mais fáceis no Ubuntu. suas perguntas já foram respondidas. Como criar mídia live USB inicializável somente para UEFI?