Para criar o diretório Downloads , digite Terminal:
mkdir ~/Downloads
Em seguida, atualize user-dirs.defaults digitando no Terminal:% xdg-user-dirs-update --set DOWNLOAD $HOME/Downloads
EDITADO
Uma possível solução é impedir que o xdg-user-dirs-update seja executado (e redefinir sua configuração a cada inicialização da sessão) definindo enabled=False
como seu user-dirs.conf:
Edite este arquivo:
/etc/xdg/user-dirs.conf
E altere enabled=True
para enabled=False