1ª parte:
Para exportar as anotações para outro computador, podemos exportar o documento como um arquivo * .okular (que corresponde a um arquivo zip com os arquivos * .pdf + * .xml). Nesse caso, para ler as anotações no outro computador, o programa okular é necessário nos dois computadores. Em alternativa, li que as versões mais recentes do okular compiladas com o poppler 0.20 têm a opção de exportar para um pdf com anotações (embora não o possuam agora).
2ª parte:
Vá para "Configurações - > Mostrar painel de navegação"; depois, em "Comentários", veja as anotações; clique com o botão direito em cada "Destaque"; depois clique em "Propriedades"; depois disso escolha o tipo para "Squiggly" (como na fig.1, squiggly ) ou "Underline" com opacidade 70% (como na fig.2, sublinhado com opacidade 70% ).
obs: é possível escolher mais cores do que o padrão preto (por exemplo, amarelo) na aba "Geral" (alternativamente de editar o código, como mencionado na pergunta) - de fato, editando o código uma permanente o novo "botão amarelo destacado" seria adicionado, ao passo que se a alteração for feita na GUI, a cor deve ser alterada para cada anotação se o amarelo tiver a cor desejada.