Por padrão, uma placa gráfica PCI-E será usada em preferência a uma placa onboard, e os sistemas AGP mais antigos às vezes precisavam ser configurados manualmente na BIOS, mas não em hardware mais recente.
Se estiver relatando o cartão em uso como AMD, ele já estará sendo usado e usará o driver open source radeon. Os drivers proprietários da AMD não funcionarão, já que os drivers proprietários da AMD não foram atualizados para suportar o novo Xorg 1.18.
Quanto ao lspci, ele simplesmente lista os dispositivos na ordem de seus números de IDs PCI, portanto, a ordenação dessa lista não tem nada a ver com quais dispositivos estão em uso ou como. Pelo contrário, é afetado simplesmente pela maneira como os dispositivos estão fisicamente conectados ao sistema.