Ainda não é possível sincronizar com dispositivos no iOS 6.x.x. Na verdade, o libmobiledevice ainda não suporta a sincronização com o iOS 5.x.x
Se você estiver usando o iOS 5.x, a biblioteca que o Rhythmbox (e outros) usam para fazer isso ainda não suporta a versão mais recente do banco de dados. Se seu O dispositivo iOS foi atualizado recentemente e você só precisa esperar libimobiledevice a ser atualizado (veja o [website] [1] em Status de Sincronização de Música / Vídeo para atualizações). [1]: link
Veja aqui: Como sincronizar músicas no Rhythmbox com um iPod