Sim e não . No que diz respeito aos comandos, é o mesmo, pois usa o mesmo shell (bash) que qualquer outro terminal do seu sistema faz.
Mas xterm é um emulador de terminal básico que não suporta recursos aos quais você pode estar acostumado com o terminal regular (gnome-), como várias guias, etc. Outras coisas, como alterar fontes também é mais difícil (as pessoas geralmente acham a fonte padrão do xterm muito pequena).
O motivo dessa falta de recursos é que o xterm depende apenas do servidor X central, ao contrário do gnome-terminal e dos outros. Ele será executado mesmo em um Ubuntu que não tenha nenhum ambiente gráfico instalado e use muito pouca memória (mas isso não importa a menos que você tenha um computador muito antigo)
Note que você pode obter recursos adicionais no xterm usando um gerenciador de sessão em modo texto, como byobu (tela), mas para a maioria dos usuários é mais fácil se ater ao gnome-terminal ou alternativas como xfce4-terminal, etc.