Os passos básicos serão:
1 - Copie os arquivos da sua unidade D para algum lugar que não seja excluído 2 - Excluir e reparticionar o seu disco para ser uma única unidade novamente, (você precisará de software de reparticionamento para isso e, tanto quanto eu sei, não é suportado no Windows sem software de terceiros. Eu sugiro Gparted aqui para fazer isso (faça um stick USB com ele, inicie a partir daí e faça a repartição. 3 - Inicialize novamente no Windows e confirme se funcionou.
Nota: Reparticionamento costumava ser considerado perigoso, como com todas as coisas que vale a pena ter um backup, embora isso seja bastante seguro nos dias de hoje, ainda há uma chance.
Espero que ajude.