Sim - como exatamente você está falando? Eu estou assumindo que você quer dizer 'partição estendida', caso em que não é diferente de qualquer outra partição neste contexto - embora se você quer dizer 'uma unidade física separada' ou 'em outra sala' então ainda é sim :).
A configuração normal é que você pode ter 4 partições primárias, e qualquer outra tem que usar um dos 4 como um 'quadro' para caber dentro desse limite, portanto, são denominadas 'partições estendidas'. Você pode ter cargas, se você realmente quiser!