A inicialização para opções avançadas e modo de segurança ainda é possível, quando você tem o GRUB na cadeia de inicialização que precisa pressionar as teclas logo após o GRUB carregar o carregador do Windows. Se você tiver um sistema UEFI, tente alterar a ordem das opções de inicialização ou problema para inicializar o Windows na próxima inicialização e tente acessar o menu de opções avançadas no Windows.
% bl0ck_qu0te%Até onde eu sei, os dados de instalação para o "recurso Atualizar meu PC" estão no sistema de arquivos principal, que não pode ser "formatado", porque normalmente não há espaço suficiente nos outros sistemas de arquivos para armazenar os dados e lá não há mecanismos como um ambiente PXE envolvido (semelhante a como os Macs executam uma reinstalação). Você não está fazendo uma reinstalação completa desta forma, tanto quanto eu sei e você não tem nenhuma prova de que o conteúdo não foi modificado pelo vírus que você espera ter infectado seu sistema. Depois de todos os dados estarem no mesmo sistema de arquivos e você não deve esperar que um vírus seja tão burro quanto não fazer um simples mountvol e ter acesso aos outros sistemas de arquivos.
Obter a mídia de instalação da Microsoft e verificar as somas de verificação é o que você deve fazer.