Se você substituiu os arquivos, eles desapareceram. Se o testdisk não puder encontrar a partição, ela desaparecerá. Você poderia tentar o photorec, ele pode encontrar alguns arquivos ainda, mas uma cópia de backup seria melhor.
Se você ainda tiver uma cópia em algum lugar, execute ecryptfs-recover-private
Como sempre, lembre-se de que, se os arquivos forem importantes o suficiente, eles devem ter um bom backup em algum lugar.