Uma solução sem dúvida melhor seria não instalar o vim sobre o binário existente instalado pelo gerenciador de pacotes do Ubuntu, em primeiro lugar. Esta é sempre uma má ideia e vai te morder mais cedo ou mais tarde.
Os arquivos em /usr/bin , /usr/lib são gerenciados pelo Ubuntu e, se você quiser que ele cuide do seu próprio negócio, não coloque suas coisas lá. Você pode colocar seus próprios binários compilados à mão em /usr/local , /opt ou até mesmo em seu diretório pessoal.
O bit ofensivo nas instruções é --prefix=/usr - removê-lo deve instalar vim em /usr/local - então você precisará modificar o restante das instruções para contabilizar o novo local.
(também, o fato de o Ubuntu substituir seu binário sugere que você não removeu o sistema vim antes de substituí-lo pelo seu - que as instruções que você vinculou realmente mencionam)