você pode fazer isso com um arquivo .desktop
colocado em ~/.config/autostart
. Para criar esse arquivo, basta fazer:
cat > ~/.config/autostart/myscript.desktop << "EOF"
[Desktop Entry]
Name=myscript.sh
GenericName=my script for foo-fu
Comment=does bar the foo or fu foos the bar
Exec=sh ~/scripts/myscript.sh
Terminal=true
Type=Script
Icon=
Categories=Tools;
StartupNotify=true
EOF
Até lá, certifique-se de ter feito chmod 755
nesse script:
chmod 755 myscript.sh
e configure-o para executar no nautilus como na seguinte imagem de exemplo: