Depende de qual versão das janelas você está usando. Parece que o Windows 7 e superior está um pouco mais envolvido. Apenas no caso deste ser o caso com a sua configuração, eu encontrei um site útil para reparar o carregador de boot do windows 8. Você precisará, no entanto, de uma unidade USB inicializável. link
Se isso não funcionar, você pode fazer uma pesquisa para restaurar o bootloader EFI do Windows 8 ou o MBR de correção do Windows 8.
No entanto, depois de ir ao prompt de comando através da ferramenta de recuperação do Windows. você provavelmente só precisará executar. bootrec.exe / fixmbr