Uma maneira simples de fazer isso é adicionar essas linhas ao rc.local em seu sistema.
Para isso, você precisa dos direitos root ou sudo. Você pode editar o arquivo com o seu editor de texto favorito, por exemplo, vim :
vim /etc/rc.local
(sleep 20
echo 'cpu limit bomi player at 40%'
cpulimit -v -e bomi -l 40) &
A primeira linha diz ao computador para esperar 20 segundos, as outras 2 linhas são do seu script e o &
no final diz ao computador para executá-lo em um sub shell para que seu computador não espere o função para terminar e continuará com o arranque.
Você deve adicionar essas linhas em qualquer lugar antes da chamada exit 0
no final desse script, pois isso fará com que ele saia e ignore todas as linhas depois disso.