Eu recomendo usar o GPT. Se a instalação criar uma entrada na NVRAM da EFI, essa entrada poderá ou não sobreviver à desconexão do disco eSATA. Isso é verdade se o disco usa MBR ou GPT - isto é, está jogando os dados de qualquer maneira. Se você não pretende inicializar o disco eSATA em outro computador, talvez seja melhor proceder da seguinte maneira:
- Inicialize o instalador do Ubuntu no modo "experimentar antes de instalar".
- Iniciar uma janela do Terminal.
- Digite
ubiquity -b
na janela do Terminal. Isso inicia o instalador do Ubuntu, mas-b
diz para não instalar o GRUB. - Quando estiver pronto, reinicie o Fedora e diga para atualizar sua configuração do GRUB. (IIRC,
grub-mkconfig -o /boot/efi/EFI/fedora/grub.cfg
é como você faria isso no Fedora.)
Este procedimento fará com que o GRUB do Fedora retenha o controle do processo de inicialização e adicione uma entrada do Ubuntu a ele, em vez de ter dois GRUBs diferentes instalados e possivelmente disputando status como o GRUB que controla o processo de inicialização.
Alternativamente, em vez do passo # 4, você poderia iniciar o Fedora e instalar o meu gerenciador de boot do rEFInd, que então assumiria o papel do programa que gerencia o processo de inicialização. O rEFInd tende a ser um pouco mais fácil de manter se você estiver com dual-boot de duas distribuições Linux diferentes.
Observe que os discos GPT usam vários GUIDs - um para o disco em si, um para cada partição e GUIDs usados como códigos de tipo para identificar os usos pretendidos das partições. Os dois primeiros devem ser exclusivos para cada disco e partição, de modo a evitar os tipos de conflitos com os quais você parece se preocupar. A menos que você faça uma cópia de baixo nível ou um clone de um disco (e talvez nem assim, dependendo do software usado e do procedimento que você segue), dois discos não devem ter GUIDs compartilhados.