O tamanho do setor lógico sendo menor que o tamanho do setor físico é normal para a maioria dos discos modernos. Isso é simplesmente como discos de Formato Avançado são mais frequentemente implementados. Alguns discos externos usam o mesmo tamanho de setor (4096 bytes) para setores físicos e lógicos, e ouvi dizer que alguns discos internos de última geração agora fazem o mesmo, mas a maioria dos discos atualmente são modelos Advanced Format com 512 bytes setores lógicos e setores físicos de 4096 bytes. Não há nada que você possa (ou deveria tentar) fazer sobre isso.
Dito isto, o alinhamento adequado de partições para discos de Formato Avançado é importante. Executei alguns testes em discos Advanced Format para determinar o que acontece quando suas partições são desalinhadas e publicamos os resultados aqui. Em resumo, a extensão do problema varia muito de um sistema de arquivos para outro e de um disco para outro, mas quase sempre existe um significativo (e às vezes grande penalidade de desempenho associada a partições desalinhadas.
Seu /dev/sda4 , no entanto, não mantém diretamente um sistema de arquivos; é uma partição estendida, o que significa que é simplesmente um contêiner para outras partições. Os dados diretamente associados com /dev/sda4 são simplesmente dois setores (lógicos), que provavelmente não são nem adjacentes uns aos outros, então eles não podem estar alinhados corretamente. Penalidades de desempenho reais viriam do alinhamento das partições contidas em /dev/sda4 . No seu caso, /dev/sda4 contém /dev/sda5 e /dev/sda6 , ambos estão alinhados corretamente. Assim, você não precisa se preocupar com /dev/sda5 . O aviso que você está vendo é simplesmente o código que está sendo muito entusiasmado em relatar um "problema" quando não existe um.
Seu /dev/sda1 , por outro lado, não está alinhado corretamente - ele começa no setor 63, que não é divisível por 8. Se você deve fazer algo sobre isso depende de quanto você usa essa partição, como você usá-lo (tamanho do arquivo, leituras x gravações, etc.), como é importante obter um ótimo desempenho, se você tem backups adequados, etc. Recomendo que leia o artigo mencionado anteriormente e, em seguida, decida se para consertar o problema. (Eu não relatei os resultados da FAT naquele artigo por razões de espaço, mas o desempenho do FAT sofreu muito - IIRC, não tanto quanto o ReiserFS, mas pelo menos tão ruim quanto a maioria dos sistemas de arquivos nativos do Linux).
Se decidir que deseja corrigir /dev/sda1 , você deve começar fazendo o backup. Com isso feito, uma maneira de corrigi-lo é excluí-lo, criar uma nova partição em seu lugar e restaurar seus arquivos. Outra maneira (após o backup) é redimensionar a partição no GParted. Faça uma pequena alteração no ponto inicial; qualquer versão recente do GParted deve arredondar para um múltiplo de 2048 setores, e você ficará bem. Mover o ponto de partida de uma partição é sempre mais arriscado e demora mais do que mover o ponto final. Como a partição tem apenas 19GiB de tamanho, a operação não deve levar um tempo ridículo, mesmo movendo o ponto inicial, mas não será instantânea.
Como nota lateral e segundo plano, apenas ferramentas bastante antigas desalinham partições em discos modernos de formato avançado. Meu palpite é que você usou essa ferramenta (uma versão antiga do fdisk do Linux ou um DOS FDISK , talvez) para criar /dev/sda1 , então usou uma ferramenta mais moderna (uma mais recente fdisk , parted , ou GParted, talvez) para criar o resto de suas partições.