parece que você precisa de um tempo maior.
Experimente o syndaemon
syndaemon -i 2 -d &
-i 2 = ajusta o tempo ocioso (tempo limite) para 2 segundos. Você pode aumentar isso, se necessário.
-d = executa em segundo plano (daemon)
Você pode estar interessado em:
-t = Apenas desativa o toque e a rolagem, não os movimentos do mouse.
-k = Ignora as teclas modificadoras ao monitorar a atividade do teclado (permite Ctrl + Left Click).
Consulte o syndaemon do homem para obter informações adicionais.
Depois de encontrar as configurações desejadas, adicione o comando para iniciar automaticamente quando fizer login.
Você adicionaria executando gnome-session-properties
e adicionando o comando.
Veja Ubuntu Wiki Adicionando o Programa à Sessão Startup (a página é um pouco datada em alguns lugares, mas deve dar a você conceito geral).