Na minha máquina, que parece ser o Ubuntu 14.10:
~$ lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description: Ubuntu 14.10
Release: 14.10
Codename: utopic
as configurações do compiz acabam sendo armazenadas em ~/.config/
:
~$ locate compiz | grep ~ | less
<...snip...>
~/.cache/compizconfig-1/wall.pb
~/.cache/compizconfig-1/workarounds.pb
~/.config/compiz-1
~/.config/compiz-1/compizconfig
Esse diretório ~/.cache/
provavelmente não vale o meu tempo para fazer o backup, mas na inspeção ~/.config/
tem muitas outras coisas que também valem a pena fazer o backup.
Se você planeja fazer o backup de suas configurações do Compiz, talvez queira fazer backup de todo o diretório pai de suas configurações de compiz - é mais provável que você acabe em um ambiente de área de trabalho familiar dessa maneira.