A beleza dos Chromebooks é que você pode fazer uma reinicialização limpa do dispositivo caso tenha feito algo errado e não perca nada.
Mas a partir do que você escreveu, acho que você está executando o Crouton ao invés de uma instalação completa do Linux - o que eu diria da experiência não costuma resultar em um computador muito estável.
Se você deseja usar o Ubuntu em tempo integral no seu Chromebook, recomendo instalar o Ubuntu diretamente no disco rígido.