Especificamente, é para alguns PPAs e não para o sistema em geral. As URLs são, até onde eu sei, corretas. Eu só uso sudo apt-get update e tentei a solução sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade sugerida em um dos tópicos sugeridos. O erro específico é:
Err http://ppa.launchpad.net wily/main i386 Packages
404 Not Found
Claro, isso é apenas um dos quatro. O conjunto completo está no final deste post. Como eu disse, a URL está bem, tanto quanto eu sei, pois segue o mesmo formato de outras atualizações que não 404. Então, alguma idéia sobre a solução para isso?
A lista completa:
Err http://ppa.launchpad.net wily/main amd64 Packages
404 Not Found
Err http://ppa.launchpad.net wily/main i386 Packages
404 Not Found
W: Failed to fetch http://ppa.launchpad.net/caffeine-developers/ppa/ubuntu/dists/wily/main/binary-amd64/Packages 404 Not Found
W: Failed to fetch http://ppa.launchpad.net/caffeine-developers/ppa/ubuntu/dists/wily/main/binary-amd64/Packages 404 Not Found
O "Cafeicultor Developers" PPA não tem pacotes para o Wily, como você pode ver porque "Wily" não aparece na lista suspensa "Publicado em". Isto é provavelmente porque a versão 2.8.3 de caffeine está nos repositórios oficiais do Wily, tornando este PPA inútil.